Głównymi bohaterami filmu są dwaj wielcy fizycy, których odkrycia umożliwiły budowę bomby atomowej: Duńczyk Niels Bohr (1885-1962) i Niemiec Werner Heisenberg (1901-1976). Trzecią postacią jest żona Bohra, Margaret, towarzysząca ich spotkaniom w Kopenhadze w 1941 i w 1947 r., odbywającym się w rezydencji Bohrów. Niels Bohr był nestorem fizyki kwantowej, mistrzem i wychowawcą młodych naukowców, którzy w XX w. parali się tą dziedziną. O ile Einstein, z racji swojego wkładu w rozwój fizyki, uchodził za Boga, Bohr uznawany był za papieża. Heisenberg trafił do niego w latach dwudziestych i wiele mu zawdzięczał. Przez kilka lat pracowali razem, sformułowali wspólnie rozprawę dotyczącą zasady nieokreśloności i komplementarności, decydującą dla rozwoju fizyki, w efekcie czego Heisenberg został profesorem i objął katedrę w Niemczech. Szesnaście lat młodszy naukowiec Werner Heisenberg był ulubieńcem Bohra i przyjacielem rodziny. Podczas wojny bliscy współpracownicy znaleźli się jednak po przeciwnych stronach barykady: Dania pozostawała pod niemiecką okupacją, a Bohr słusznie mógł się obawiać o własne życie, bo z pochodzenia był Żydem. Tymczasem Heisenberg dowodził poszukiwaniami niemieckich fizyków, pragnących skonstruować nowy rodzaj broni, co miało być decydujące dla wyniku wojny. Film opowiada o dwóch spotkaniach: wizycie Heisenberga przed wojną i spotkaniu powojennym. W ich trakcie dochodzą jednak do głosu wspomnienia, więc rzecz dotyczy też lat dwudziestych. Dramaturgię filmu buduje dwuznaczna sytuacja, w jakiej znaleźli się dawni współpracownicy. Heisenberg przyjeżdża jako okupant, obarczany winami za hitlerowskie zbrodnie, a także jako człowiek trudnego kompromisu, usiłujący godzić piastowane stanowisko z poczuciem odpowiedzialności za losy Europy. W tle czai się wielkie pytanie: czy Niemcy nie wyprodukowały na czas bomby, bo sabotował to Heisenberg, czy też dlatego, że zlekceważył on wykonanie koniecznych obliczeń, które uświadomiłyby mu, jak blisko zwycięstwa się znajduje. Spotkanie z Bohrem w każdym razie nie doprowadza do porozumienia w sprawie co dalej robić w tej kwestii i być może przesądza o losach wojny... Sytuacja Bohra uświadamia z kolei fakt, że Hitler przegrał sprawę bomby, bo kierował się ideologią: czołowi fizycy żydowskiego pochodzenia, a akurat oni zajmowali się fizyką kwantową, uciekli przed nim do Stanów Zjednoczonych, które w związku z tym już we wrześniu 1939 r. wystartowały z programem badań naukowych poświęconych skonstruowaniu bomby. Kiedy sytuacja w Danii stała się niebezpieczna dla Bohra, został on przerzucony do Stanów, by dołączyć do tej grupy... Bombę ostatecznie skonstruowali Amerykanie wykorzystując potencjał ludzi, których Hitler chciał zamknąć w obozach koncentracyjnych albo stracić. W filmie pojawia się też problem, czy trzeba było jej użyć: Heisenberg jawi się jako gorący przeciwnik zrzucenia bomby na japońskie miasta.